У червні 1941 року «Тюрма на Лонцького» перетворилася на справжній конвеєр смерті. За кілька днів з 24 по 28 червня тут бійці КНВС розстріляли 1 681 особу. Цей злочин без строку давності світова спільнота забажала залишити непоміченим, адже переможців фашизму, а так себе називав тоталітарний комуністичний режим СРСР, не повинні були судити разом із нацистами на трибуналі в Нюрнберзі.
У 1941 році, коли Друга світова війна впритул наблизилась до України, було вирішено «розвантажити» в’язниці, але можливості у таких екстремальних умовах були обмежені, тому вихід знайшли – жахливий та нелюдський. Саме таким був наказ № 2445/М наркома державної безпеки В. М. Меркулова від 23 червня 1941 р. та наказ начальника тюремного управління НКВС УРСР капітана державної безпеки Філіппова від 23 червня 1941 р.
З 22 червня 1941 року розпочалися розстріли політв’язнів. У стінах «Тюрми на Лонцького» цього ж дня виконали вироки щодо 108 осіб, котрі були засуджені до розстрілу (ВМН – высшая мера наказания).
Наказ Меркулова про розподіл в’язнів для виселення та для розстрілу, розв’язав працівникам НКВС руки. Від 23 червня розпочалися масові розстріли з ініціативи місцевого керівництва. Часто сумлінні борці з «ворогами народу» давали волю фантазії та використовували різноманітні способи страти та тортур.
За офіційним документом НКВС , а саме згідно зі звітом начальника тюремного управління НКВС УРСР заступникові НКВС СРСР та начальникові тюремного управління НКВС СРСР «Про евакуацію в’язнів з тюрем Західної України та інших областей УРСР» від 12 липня 1941 р. – у Львові протягом 22‑28 червня 1941 р. було знищено 2 464 в’язні. Всі документи та архіви у в’язниці спалено за винятком журналів обліку в’язнів та карток обліку цінностей. Збережені документи направлено до Києва.
223 полк Конвойних військ НКВС, який був дислокований у Львові, займався масовими зачистками тюрем, розстрілами в’язнів у червні 1941 року
На той час начальником тюремного відділення управління НКВС Львівської області був лейтенант державної безпеки Лерман, але питання розстрілів також контролювало партійне керівництво і прокурор, який ставив санкцію на розстріл. Так на «розстрільних списках» ставився підпис обласного прокурора «Разстрел врагов народа санкционирован». З жовтня 1939 по 29 червня 1941 прокурором Львівської області був Л.П. Харитонов.
Як зазначив Руслан Забілий – відомий український історик, згідно з інформацією, якою він володіє, увесь цей час він, який давав санкцію на розстріл, проживав у Львові і помер лише у 2000-них роках.
Переважна більшість обвинувачені у причетності до ОУН, також діячі культури, інтелігенція, священики, пересічні громадяни, неповнолітні і ті, кому було вже поза 70, представники різних національностей – українці, поляки, євреї, представники різних верств населення.
28 червня 1941 р. останні представники радянської влади покинули Львів. І мешканці першим ділом увірвалися до в’язниць. Картина, що постала у них перед очима, була жахливою: у паніці співробітники НКВС часто не встигали приховати слідів своїх злочинів і у в’язничних камерах лежали їх жертви. Після вступу передових німецьких загонів до Львова, серед яких був український батальйон «Нахтіґаль», яким командував Роман Шухевич (він знайшов у в’язниці «на Лонцького» свого вбитого молодшого брата Юрія, працівника львівського радіокомітету, співака-тенора, котрого заарештували 1 березня 1941 р. у Львові та вбили лише за родинний зв’язок з одним із лідерів ОУН), частину вбитих було винесено із підвальних камер колишньої в’язниці № 1, частину – ексгумовано із поспіхом виритих могил та виставлено на дворі в’язниць для впізнання рідними протягом 1-2 липня 1941 р. Цим процесам сприяла німецька окупаційна адміністрація, котра мала пропагандистську ціль для власної користі. Процес ексгумації було відзнято на кіноплівку та використано у антирадянській пропаганді нацистами. Таким чином відбулося перше у світі оприлюднення, з наявністю речових доказів, злочинів радянської влади.
Особи причетні до репресій: Арсєєв ‑ опер. уповноважений відділення в’язниці у Львівській області, Харитонов Л.П. ‑ прокурор Львівської області (з 04.10.1939 до 29.06.1941 та з 10.11.1943 до 01.09.1944), Сергиєнко В.Т. ‑ начальник управління НКВС Львівської області, Коноваленко О.А. ‑ заступник начальника управління НКВС Львовскої області, Михайлов ‑ заступник начальника управління НКВС Львівської області, Шумаков ‑ начальник слідчої частини управління НКВС Львівської області, Козлов А. С. ‑ начальник слідчої частини управління НКВС Львівської області, Попов А.В. ‑ начальник в’язниці НКВС, Лавришев Д.П. ‑ секретар комуністичної партійної організації обласного управління НКВС, Стадниченко І.А., Дорфман О.Ш., Климочкін П.П., Селівестров С.Ф., Мухін В.О., Гуленко П.Е., Приз М.К., Гандін В.І., Зеленський В.П., Ловчинников О.Т. ‑ працівники слідчої частини обласного управління НКВС.
Командування репресивними акціями здійснював особисто нарком НКВС УРСР, комісар державної безпеки ІІІ рангу І. Сєров, котрий з 22 вересня перебував постійно у Львові.
Між іншим лише у Львові на потреби НКВС було передано 18 будинків та додатково 951 квартира.
